解析：数据库的三级模式结构是指数据库系统是由外模式、模式和内模式三级抽象模式构成。模式也称逻辑模式或概念模式，模式是数据库中全体数据的逻辑结构和特征的描述，是所有用户的公共数据视图，一个数据库只有一个模式；外模式也称子模式、用户模式，可以描述某个特定的用户组所使用的那一部分数据库，一个数据库可以有多个外模式；内模式也称物理模式，是数据库内部的表示方法。在关系数据库中，模式对应基本表(table)、外模式对应于视图、而内模式对用于存储文件。因此存储文件是三级模式结构中的内模式，本题的正确答案为D。