根部习居菌能侵染植物的活根，并在根中定植，但不能离开寄主根组织而直接在土壤中生活，根死后它们被腐生菌取代，根部习居菌一般与土壤中的腐生菌竞争能力差，在土壤中可以形成菌核、菌索等休眠体，在一定时期保存生命以备从土壤中向新的活根侵染，典型的是蜜环菌。土壤习居菌则与土壤中的腐生菌竞争能力较强，当没有适当的寄主植物存在时或当寄主根组织分解以后，它们能直接在土壤中营腐生生活，当土壤条件不利于其活动时就形成休眠体，典型的如腐霉菌。了解两类病菌的生态习性对研究和防治该类病害具有重要意义。