反应温度是调节预加氢生成油质量的主要手段，温度低则不能保证加氢深度和达到脱除杂质的要求。提高温度虽然对除去杂质及烯烃饱和有利，但过高的反应温度对除去杂质无明显影响，反而促使裂解反应加剧，使催化剂积炭而降低活性及使用寿命，也使能耗增加。
在实际操作中，在预加氢生成油质量符合指标要求的前提下，反应温度应尽量低一些。装置运转到后期，由于催化剂活性降低，而造成催化剂精制效果变差时，反应温度可根据情况适当提高一些。
反应温度的选择还与原料性质、杂质含量有关。有时原料质量较好，硫、氮及金属含量均较低，那么，通常反应的初始温度可选得低一些，一般起始温度为硫化结束后的温度290℃。然后，根据生成油质量再逐步调整反应温度，最高温度≧340℃。