目前我国大部分保税区毗邻港口，但并未与港口直接相连，港口被人为地排除在保税区之外。这种港区分离的管理现状暴露出了保税区的如下几种发展的局限：
（1）区位优势发挥的局限由于港区分离保税区不能形成一个对内地封闭，对境外开放的区域，货物从港口不能直接进入保税区，必须经过其它地区。因此，保税区的货物进出口流通都要经过港口和保税区两道海关检验手续，区内货物还要有一套登记和管理制度，造成手续烦琐，海关监管困难，物流不畅。
（2）功能发展的局限由于区港的分离管理，造成区港的相关性较小，使有物流带动的相关口岸产业的市场需求比较小，这进一步造成保税区的物流量少。