稻小潜叶蝇的防治措施有：
（1）清除田边杂草，减少虫源。
（2）旱育稀植，培育壮秧。
（3）浅水勤灌。特别是该虫产卵盛期（田间）7~10天内，浅水勤灌尤为重要。当田间发生严重时，采取排水露田，可控制该虫为害的发展。
（4）药剂防治。药剂防治的重点是早插、生长嫩绿的小苗稻田。如秧田发生较重，可进行秧田喷药后移栽。药剂防治适期为成虫盛发期和卵孵化盛期。可用10%大功臣或一遍净可湿性粉剂20~30克/667m，5月中下旬插秧田可在插秧后1~2周内，6月插秧可在插秧后3~5天内，田间喷雾或撒施。施药后堵水口7天。