新文化运动的倡导者并没有因为批判孔学就否定中国的全部传统文化。
第一，他们指出，孔学并不等于全部国学。“非孔学之小，实国学范围之大也”。
第二，他们并没有否定孔学的历史作用。
第三，他们也没有把孔学说得一无是处。他们批判孔学，是为了指明它在根本上已经不适于现代生活，是为了反对孔学对人们的思想禁锢，是为了动摇孔学的绝对权威的地位，从而使人们敢于冲破封建思想的牢笼，去进行独立思考，以求得“真实合理的信仰”。