（1）开发使用费。是在单位或个人直接开发、占用、利用、使用自然资源时所缴纳的费用。例如：土地使用费、水资源费、海域使用费、矿区使用费等。
这种费用，它直接源于自然资源的使用价值，而不以是否有人类劳动的凝结或管理投入为转移。其费用的多少，通常根据开发使用的资源数量、面积以及稀缺程度、可获利益的大小确定。
（2）补偿费。是为弥补、恢复、更新自然资源的减少、流失或破坏而向开发利用自然资源者收取的费用。例如：育林费、森林生态效益补偿基金费等。
这类费用，通常根据恢复、更新所消耗、破坏的资源的实际费用征收，但也有的只按开发利用自然资源所得的一定比例或数量征收，如育林费、生森林生态效益补偿基金费、生态环境补偿费等。
（3）保护管理费。是为解决培育、维护、管理自然资源的费用支出而向开发利用自然资源者征收的一定费用。例如：河道工程修建维护费、河道采砂取土管理费等。
这类收费，虽然也具有对消耗的自然资源给予一定补偿的性质，但它主要是为了弥补国家或有关单位为保护、管理自然资源所支出的费用，而不是像开发使用费那样只是对自然资源本身价值的补偿。
（4）惩罚性收费。是行政管理机关在自然资源开发利用者不按规定要求开发利用自然资源时而让其缴纳的带有制裁性质的费用。例如：耕地闲置费，一年以上未动工建设。