价值理论是政治经济学理论体系赖以建立的基础，配第在政治经济学上最重要的一个历史功绩在于，在近代，他第一次有意识地把商品价值的源泉归于劳动，从而奠定了科学的劳动价值论的基础。
配第的价值论主要发表在《赋税论》中。他区分了“自然价格”和“市场价格”。
配第的“自然价格”相当于价值。假如一个人生产一蒲式耳小麦所用劳动时间和从秘鲁银矿中生产一盎斯白银并运来伦敦所需劳动时间相等，后者便是前者的“自然价格”。指出商品的价值量同劳动时间成正比，与劳动生产率成反比的事实。他提出“劳动是财富之父，土地是财富之母”的观点，认为劳动和土地共同创造价值。