证据裁判原则有例外有：
（1）在刑事诉讼中，基于刑罚适用的慎重性，尽管对于证明对象的枝节性内容会存在毋庸证明的可能，证明对象的骨干性构成要件一般却必须由证据予以证明。强调实质真实的大陆法系国家如此，实行对抗制的英美法系国家亦是如此。在我国，2003年3月14日，最高人民法院、最高人民检察院、司法部联合发布的《关于适用简易程序审理公诉案件的若干意见》第7条第4款规定也体现了证据裁判原则在刑事诉讼中的例外性规定。
（2）在民事诉讼中，不仅基于当事人的实体处分权而设置有自认的规定，而且，基于辩论原则，对于当事人没有明确争论的事实还实行拟制自认制度。如最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第8条规定，表明人民法院可以依据当事人有效的自认直接对案件事实进行认定作出裁判。另外，民事证明中，还存在大量的推定，如最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第75条规定。因此，对于法律推定推定的事实，人民法院无须当事人举证，可以直接依据推定规则认定事实。又由于自认与推定在民事诉讼中较为常见，因而民事诉讼中具体证明对象的多数内容往往因存在其他证明方法而不具有以证据证明的必要性，从而削弱了证据裁判原则对事实认定的决定性作用。而这些恰恰体现了证据裁判原则在民事诉讼中适用的例外。