生殖器疣的潜伏期为3周到8个月，平均3个月，多见于性活跃的青、中年男女，发病高峰年龄为20～25岁。病程平均在3～5个月的男女患者，在性接触后不久即发病；而病程平均12个月的男性患者，其性接触者可不发病。多数患者一般无症状。损害大小及形状不等，可仅为数个，亦可为多数针头样大的损害。在阴肛部可长成大的肿瘤样物，有压迫感，有恶臭味，有时小的湿疣可出现阴部痛痒不适，病人可出现尿血和排尿困难；直肠内尖锐湿疣可发生疼痛、便血，而直肠内大的湿疣则可引起里急后重感。 
男性患者好发于包皮系带、冠状沟、包皮、尿道、阴茎、肛门周围和阴囊。病初为淡红或污红色粟状大小赘生物，性质柔软，顶端稍尖，逐渐长大或增多。可发展成乳头状或囊状，基底稍宽或有带，表面有颗粒。在肛门部常增大，状如菜花，表面湿润或有出血，在颗粒间常积存有脓液，散发恶臭气味。搔抓后可继发感染。位于湿度较低干燥部位的生殖器疣，损害常小而呈扁平疣状。位于湿热湿润部位的疣常表现为丝状或乳头瘤状，易融合成大的团块。有严重肝病的患者湿疣可增大。妊娠可使湿疣复发或生长加快。 
宿主对HPV感染引起的免疫应答包括细胞免疫与体液免疫两个方面。 
目前没有特效的抗病毒药物，生殖器疣的治疗必须采用综合治疗。