子宫内膜异位症病因不清，其组织学发生复杂，不能完全预防。根据可能的病因及流行病学结果，可从以下几个方面进行预防。①防止经血逆流及时发现并治疗引起经血逆流的疾病，如先天性生殖道畸形（阴道横隔、阴道部分闭锁、狭窄、针状处女膜），手术导致的宫颈狭窄及后继发性宫颈粘连、阴道狭窄，残角子宫等。②防止医源性异位内膜种植，月经期避免性交及妇科检查。尽量避免多次的子宫腔手术操作，特别是在月经前期，手术操作要轻柔，如人工流产应避免造成宫颈损伤导致宫颈粘连。剖宫产是导致腹壁切口内异症的直接原因，近几年发病率飙升，应掌握好剖宫产的指征，手术时注意保护好腹壁切口，缝闭前应充分冲洗，减少内膜种植的机会。③适时婚育，口服避孕药可有效减低发生内异症的风险。另外，阴道完全性纵隔相当于双阴道，经血是通畅的。