1、价值取向差异使管理目标不同。
公共部门管理追求的是公共利益，政府以公众委托人身份提供公共产品，对政府行政人员的管理是为了最大化的为社会利益服务，而私营机构则多是赢利单位，追求效率、效益是它基本的价值取向。公共部门的财政来源是税收，这决定其工作人员的行为要对公共利益负责，而企业只需对领导者利益、企业自身利益负责就够了。因此，公共部门的人力资源管理必须考虑政治价值，企业人力资源管理首先考虑的不是政治回应性与社会公平，而是经济生活中的交换与回报，人力资源管理则主要考虑的是谁进入企业的这些职位将最有利于企业的发展。政府系统的人力资源管理部门必须注意其透明化程度、公众的接受程度，必然面向社会，承受社会的压力，而企业人力资源管理部门只听命于领导者，领导者完全可以决定员工的任命与使用，对员工的需要通过专业化的工作分析获得，并通过职位说明书及培训计划等充分展现出来，录用和解雇员工时较少考虑外部压力，政治责任与社会责任的相对缺失。企业的管理活动服从于其决策层的意志，无须对社会公众公开，其操作过程也是经常隐蔽不公开的。
2、管理对象行为取向的不同。
在公共部门中工作的员工，其行为有一种保守趋向，倾向于明哲保身，不求有功，但求无过、好自为之的心态；在企业组织中的员工更加趋向于要富有创造性，这与公共部门组织强调稳定性有关。作为政府系统的人力资源管理部门必须能从根本上保障政府运作的稳定，进而维护社会的稳定，这是政府人力资源管理须遵守的基本价值取向。公共部门的组织成员要受更多规章制度的限制，强调严格遵守规则，势必使成员或多或少地变得墨守成规和强求一致，组织成员的工作具有更多“非人性化”的特征，行政人员多半带有官的味道，人们的着眼点在于其行为是否符合规范而不是其什么行为能给组织带来最大的贡献。可以说理性官僚制的弊端在行政组织比在企业组织体现得更加明显，帕金森效应更容易在公共部门中发挥作用，这也可以说是现代人力资源管理制度难以在公共部门建立的原因。在以工作成果或工作目标导向的私人组织中帕金森定律是不会发生作用的，私人企业部门以“效率”为首要追求目标，对利益追求的永恒性，使得私营部门成为最具创新精神的部门。只有以行为为导向，人们才会不惜成本、代价去创造事情。试想，如果一个部门的领导对利润负责，对成本负责，他怎么会找两个助手去做毫无意义的事呢？
3、公共部门与私人部门对员工任职资格的要求差异。
这一区别是由于公共部门本身的政治性决定的。作为行政部门总是不可避免的和政治联系在一起的，行政与政治是不可能完全分离的。当前公共部门政府公务员招考信息对应聘人员任职资格中公务员对宪法及法律以及对党和国家所具备的忠诚，是制度化的要求。公务员的道德素质被排在前面，能力素质一般包括知识、技能和行政职业能力。在当前的情况下，对于公务员的绩效管理实际上并不是政府的第一目标，尽管口头上很多政府都将之称作第一目标。在私人部门，雇主首先要求雇员具备必要的专业能力。专业能力是指对专业的熟悉程度，处理专门业务的技巧和能力。对于下属的道德素质要求相对要淡化一些，雇主们还希望员工更具有创造力，这意味着雇员可能带来更高的效率和更多的财富。当然这并不意味着私人部门完全忽视员工的道德素养，只是道德素质考察的困难使企业领导更加注重可以量化的指标如专业能力方面。在私人部门，雇主以雇员是否损害雇主的根本利益为第一道德标准。一个有能力但道德水准一般的人，有时是能被雇主容忍的。一般说来，私人部门的领导们不会对雇员提出过多的道德要求。
4、公共部门与私人部门人力资源管理重点的不同。
人力资源管理可以分为选人、用人、育人、留人四个方面，相对而言，公共部门在人力资源管理中比较关注人力资源选取环节，而私人部门则更重视人力资源的开发环节。公共部门对于人员的招募录用是较为重视的，有时公共部门对于人员的雇用要受制于外部压力，同时公共部门绩效评估的困难，导致公共部门比较忽视内部人力资源的开发环节和绩效评估环节。直到今天，我国尚没有对政府公务活动进行全面系统的工作分析，没有制定出科学、规范的职位说明书。私人部门基于绩效的考虑，则更注重人力资源管理的开发功能，员工的培训、教育与发展方案设计和绩效评估及员工的职业生涯规划成为人力资源管理者的重要工作。在企业组织中，绩效评估标准是确定的，指标都是可以量化的，员工对人力资源的开发、自身专业能力的提高也更为重视。总之在当前的情况下，公共部门人力资源管理具有更多的传统人事管理的特征，而在企业中，把人视作使组织在激烈的竞争中脱颖而出的关键性因素，致力于使人力资本增值为企业创造更大的效益。
5、公共部门与私人部门适用法律方面的差异。
政府公务员的行为多是行政执法行为，公务员的行政行为以行政执法为第一要义，对法律责任的关注始终居于第一位，选择主动性、创造性行政行为的责任风险或法律风险就会相应加大，这也是公务员的行政行为总是趋向于保守的重要原因。企业则是为追求经济效益而生长的组织，以效率为中心制定员工的行为规范，有时这些行为规范可能是与法律规范相冲突的，当企业利益与法律规范相冲突时，极易采取规避措施。企业在个人利益保障方面，企业适用《劳动法》界定劳动关系，《国家公务员法》是公务员必须遵守的基本法律规范。公务员的个人权力较容易得到保障，而劳动法对劳动关系的规定比较原则性，企业必须依照此制定更加具体的管理规范。由于主雇地位的非对等性，企业容易制定有利于雇主的规则，就存在企业员工的个人利益难以得到充分保障的可能。例如，政府淘汰公务员比较困难，而企业组织淘汰一个员工有时只需老板的一句话。