审计人员应直接控制询证函的发送和回收，选定好函证对象和函证方式后，由审计人员自行填制有关函件内容。询证函一般以被审计单位的名义签发，但须注明回函时要回至会计师事务所，并写明地址，以保证所复函件能寄回到审计人员手中，切忌将函件寄回被审计单位，以避免被审计单位有关人员借机更改数字或截留。
审计人员应当直接控制询证函的邮寄和回收，对于退回的信函应当进行分析。对于采用肯定式函证方式未回函的，可再次复询，由审计人员发出第二次、甚至第三封询证函。这样做的原因是不回函可能意味着虚假应收账款，需要继续追查，或者由于函证的替代程序通常成本高或花时间较多。如果仍然得不到回复，则应考虑采用替代程序，并根据检查结果判断其债权的真实性与可收回性。替代程序包括检查与销售有关的凭证，如销售订单、销售发票、出库单等；或检查资产负债表日后的收款凭证，资产负债表日后的收款间接地证明了资产债表日的应收账款确实存在。