(1)成本限制。一般来说，控制程序的成本不能超过风险或错误可能造成的损失和浪费，否则再好的控制措施和方法也将失去其降低成本的意义。
(2)串通舞弊。不相容责任的恰当分离可以避免单独的一人从事和隐瞒不合规行为提供合理的保证，但两个或更多人合伙作弊即可逃避这类控制，内控失效。
(3)人为错误。内控系统发挥作用关键是取决于执行人员的实际运作，不能期望人们在执行控制职责时始终正确无误，人为错误会造成控制失效。
(4)管理越权。任何程序也不能发现和防止那些负责监督控制的管理人员滥用职权，管理当局的干预一直是导致许多重大舞弊发生和会计报表失真的重要原因。
(5)对资产的接触。保护资产安全的最好办法是限制对资产的接触。银行应建立多层次的限制接触资产的控制措施，保证只有那些获取相应权限的人员才有接触资产的资格。
(6)修订跟不上环境的变化。被审单位为便于生存和保持竞争能力，势必要经常调整经营策略，这就可能导致控制程序对新增业务内容失去了控制作用。