系统的结构与功能有着十分密切的关系。首先系统的结构和功能是相互联系、相互依存的。系统要素的构成影响着系统的特性，也影响着系统对环境的作用，所以功能总是一定结构的功能；系统的功能要求系统有一定的结构，所以结构是一定功能的结构。没有结构就没有功能，没有功能也就没有结构。其次，结构和功能又是相互制约、相互转化的。当系统的结构发生了变化时，系统要素之间的关系发生变化，会影响系统要素之间的作用，从而影响系统对外部环境的作用，使系统的功能随之发生变化，结构转化为功能；当系统的功能发挥到一定程度时，会导致系统结构的调整，出现新的结构去适应系统功能的发展，使功能转化为结构。