北天师道得到寇谦之的改革。寇谦之早年信仰天师道，修张鲁之术，并对其进行了改造。他假托自己在嵩山见到太上老君，老君封他「天师之位」，并赐给他《云中音诵新科之诫》二十卷，启示他：今运数应出，你宣传我的新科，清整道教，除去三张伪法，租米钱税及男女合气之术。大道清虚，应专以礼度为首，而加之以服食闭炼。这是寇谦之清整改革道教的总纲，一是废除常规五斗米道的「伪法」，创建符合统治者需求的「新科」，二是新道教「专以礼度为首」，即采取儒家的礼教为道教的第一要义。清整改革道教的目的是辅佐太平真君实现天下太平，维持统治秩序。寇谦之改造道教主要是制定了一套戒律轨仪，从组织上进行清整，革除早期道教和国家争租税的经济措施，在教理上没有什么新的制作。此后，北天师道再也没有像在寇谦之时期这样兴旺。