⑴区别：分科课程与综合课程是两类不同的课程。分科课程是一种单学科的课程组织模式，它强调不同学科门类之间的相对独立性，强调一门学科的逻辑体系的完整性。综合课程是一种多学科课程组织模式，它强调学科之间的关联性、统一性和内在联系。
⑵联系：分科课程与综合课程这两类课程组织形式之间又存在着内在联系。首先，分科课程与综合课程的区分是相对的。分科课程总包含着知识之间的某种程度的综合。像学科本位综合课程开发出来成为课程计划的一部分之后总还保留着某种分科的形式。其次，分科课程与综合课程又是相互依赖、相互作用的。