内部控制自我评价有别于其他内部控制审计，就在于评价内部控制的主体不再只是内部审计人员，而是包括对内部控制的制定和执行负有责任的管理人员，其过程也不同于内部控制审计中由内部审计人员向这些管理人员收集相关信息与证据。现代企业内部控制的范围越来越宽广，内部控制的内容也越来越丰富，实施评价的有关人员必须具备各类专业知识及技术，以便对内部控制做出相对合理的评价。当然，由对内部控制的制定和执行负有责任的管理人员进行评价，可以提供更多有价值的信息。而内部审计人员利用诸多有价值的信息，可以使其审查和评价内部控制工作更具有针对性，有利于深入查找内部控制薄弱环节，进而提出更切合实际的改进建议。同时，基于内部控制自我评价所提出的有关改进内部控制的建议，相对于单纯由内部审计人员通过独立审查的方式所提出的建议，更能被组织管理层及员工所认可和接受，并由此提高组织管理层及内部员工对内部控制的认识水平与实践程度。