审判监督程序与第二审程序有着密切的联系。两者审理的直接对象，都是人民法院已经作出的判决、裁定；两者审理的目的，都是为了审查纠正人民法院已经作出的判决、裁定可能存在的错误。但是，两者也有明显的区别：
（1）提起的主体不同第二审程序提起的主体是第一审程序中的当事入，而再审提起的主体是原审人民法院的院长、上级人民法院、最高人民法院和人民检察院。
（2）审理的对象不同。第二审程序的审理对象是第一审人民法院作出的尚未发生法律效力的判决、裁定；而再审程序审理的对象是人民法院已经发生法律效力的判决、裁定。既可以是一审的判决、裁定，也可以是二审的判决、裁定。
（3）提起的理由不同。第二审程序的提起只要上诉人主观上认为第一审判决、裁定有错误，就可以提起上诉；而再审的提起，是人民法院院长、人民检察院、上级人民法院发现已经生效的判决、裁定，违反法律规定，确有错误，方可决定是否开始再审程序。
（4）提起的时间不同。第二审是第一审的继续，上诉的期限有一定的限制。而再审提起的期限，行政诉讼法未作规定，《若干问题的解释》规定是在原审判决作出两年内，因此再审的提起期限是相当长的。
（5）审理法院不同。第二审人民法院必须是第一审人民法院的上一级法院；再审案件，即可以是原审人民法院，也可以是原审人民法院的上一级法院，还可以由更高级别的人民法院审理。