（1）不同税种名义税率的差异。公司制企业适用25%（或者20%）的企业所得税比例税率；而个人独资企业、合伙制企业使用最低5%、最高35%的个人所得税超额累进税率。
由于适用比例税率的公司制企业税负是较为固定的，而适用超额累进税率的个人独资企业、合伙制企业税负是随着应纳税所得额的增加而增加的，因此，将两者进行比较就会看到，当应纳税所得额比较少时，个人独资企业、合伙制企业税负低于公司制企业；当应纳税所得额比较多时，个人独资企业、合伙制企业税负重于公司制企业。实际上，当年应纳税所得额很大时，个人独资企业、合伙制企业的实际税负就会趋近于35%。
（2）是否重复计缴所得税。公司制企业的营业利润在企业环节缴纳企业所得税，税后利润作为股息分配给投资者，个人投资者还要缴纳一次个人所得税。而个人独资企业、合伙制企业的营业利润不缴纳企业所得税，只缴纳个人所得税。前者要缴纳公司与个人两个层次的所得税；后者只在一个层次缴纳所得税。
（3）不同税种税基、税率结构和税收优惠的差异。综合税负是多种因素共同作用的结果，不能只考虑一种因素，以偏概全。进行企业所得税纳税人的筹划时，要比较公司企业制与个人独资企业的税基、税率结构和税收优惠等多种因素，一般而言，公司制企业适用的企业所得税优惠政策比较多，另外，企业所得税为企业采取不同会计处理方法留有较大余地，使企业有更多机会运用恰当的会计处理方法减轻税负。而个人独资企业、合伙制企业由于直接适用个人所得税，因而不能享受这些优惠。因此，当企业可以享受某项企业所得税优惠政策时，作为公司制企业的实际税负可能会低于个人独资企业。
（4）合伙制企业合伙人数越多，按照低税率计税次数越多，总体税负越轻。