（一）对国际贸易发展的影响
绿色壁垒是调节进出口贸易的重要杠杆。绿色壁垒措施在调节贸易方面起着越来越重要的作用。日趋增多和复杂的绿色壁垒措施正在对国际贸易产生越来越大的影响，成为各方关注的重点。通过建立绿色壁垒体系来调节贸易进出口，已经迫在眉睫。绿色壁垒和其他贸易壁垒一样，会对国际贸易的发展起到阻碍作用。设置绿色壁垒之后，受限产品的国际贸易额减少。
但是绿色贸易壁垒也可以促进进出口贸易的发展，为符合环境保护要求的新产品的国际贸易发展创造了条件。通过建立绿色贸易壁垒，可以促使企业提高科技水平和环境标准，降低污染排放，从而有助于增强国际竞争力。
二）对进口国的影响
绿色壁垒和其他贸易壁垒一样，起到限制进口，引起进口国国内市场价格上涨和保护本国的市场和生产的作用。由于有污染的产品被绿色壁垒阻于国门之外，进口国消费者享受到更加健康、安全、清洁的产品，但由于产品价格上升，进口国的消费者必须以更高的价格购买所需的商品，而有关厂商却从中获得高额利润。另外，环保标准的国别差异导致一些发达国家将其有毒有害难以维持的印染、漂洗行业转移到环保要求较低的发展中国家进行生产，这种不公平现象加剧了发展中国家的困境，使之进入污染不断加重、贸易利益不断减少的恶性循环中。
（三）对出口国的影响
绿色壁垒对出口国不同的生产厂商的影响是有所不同的。对于及时改用清洁生产技术、生产绿色产品的生产厂商，其在市场上处于有利的地位，绿色壁垒阻碍了国内许多厂商的出口，竞争对手锐减，出口市场广阔，而且国际市场上绿色产品价格上升，更使得生产绿色产品的厂商能够补偿由于采用清洁生产技术而增加的成本。对于不能及时改用清洁生产技术，依旧采用旧的有污染的生产技术进行生产的厂商，其境况将严重恶化。国内该类产品供给大大多于需求，短期内产品积压，使得价格下跌，产量减少。
（四）对我国的影响
近年来，我国对外贸易正面临越来越多来自于发达国家甚至发展中国家的绿色贸易壁垒的挑战。总体来说，绿色贸易壁垒对我国出口市场份额、贸易机会、企业和商品信誉等方面都产生了不利影响，导致国外消费者对我国部分产品尤其是农产品食品信心下降，对我国出口造成长期的负面影响。