三国两晋南北朝时期中央监察机关仍为御史台，由皇帝直接掌握御史台，仍以御史中丞为长官，拥有“震肃百僚”的威仪。
魏晋以后，皇帝还允许御史学“风闻言事”，而无须持有真凭实据。如百官有罪，御史中丞失纠，则要免官。同时，还规定大士族不得为御史中丞，以防止徇私隐庇，影响监察职能的发挥。晋朝以后，御史中丞以下设殿中侍御史，也偶置检校御史、督运御史、监军御史。总之名目繁多，机构庞大，且多系因事设置，职权也不统一。
曹魏以后不再设置固定的地方监察机关。对地方官的监察，由中央不定期派出巡御史担任。东晋逐废除汉代设置的司隶校尉并其行政权于扬州刺史，并其监察权于御史台。
三国两晋南北朝时期中央监察机关的职权与机构的扩大，以及官职人选的严格，一方面，说明监察机关是皇帝的耳目之司和纠弹封建官吏失职的重要工具；另一方面，也说明了统治者从长期的统治经验中逐渐认识到只有整肃吏治，强化统治效能，才能维护封建国家的统治。