自诉案件与公诉案件虽然都属于刑事案件，但它们之间有严格的区别，主要有以下几点：
（1）追诉的主体不同。根据刑法、刑事诉讼法的规定，公诉案件是由国家公诉机关即人民检察院向人民法院提起的。而自诉案件是由被害人或其法定代理人、近亲属直接向人民法院提起的。
（2）犯罪性质和危害程度不同。公诉案件中犯罪行为的性质一般来说比较严重，对社会的危害性也比较大。而自诉案件犯罪行为的性质多数不甚严重，对社会的危害性也比较小。
（3）追诉程序不同。公诉案件一般需经专门的侦查机关侦查，侦查终结后移送检察机关，由检察机关决定是否向人民法院起诉，检察机关承担举证责任，刑事诉讼过程比较完整。而自诉案件由于其特殊性，一般不需要侦查，而是直接由被害人或其法定代理人、近亲属向人民法院提起诉讼，同时由他们承担举证责任。
（4）审理期限的要求不同。根据刑事诉讼法第168条的规定，人民法院审理公诉案件应当在受理后一个月内宣判，至迟不得超过一个半月。重大的犯罪集团案件、流窜作案的重大复杂案件及交通十分不便的边远地区的重大复杂案件等，在上述期限内不能办结的，经省、直辖市、自治区高级人民法院批准或决定，审理期限可延长一个月；根据相关的司法解释的规定，适用普通程序审理的被告人羁押的自诉案件的审理期限、延长审理期限的理由、批准或决定延长审理期限的机关及可延长的期限和公诉案件一致；但适用普通程序审理被告人未被羁押的自诉案件，应当在立案后六个月内宣判，有特殊情况需要延长审理期限的，由该院院长批准，可以延长三个月。
（5）追诉的原则不同。公诉案件中的犯罪行为一般性质比较严重，对社会的危害性也比较大。因而对于公诉案件，只要其符合起诉的条件，检察机关必须进行追诉，在诉讼过程中，无论是被害人还是检察机关都不能放弃追诉权。而自诉案件侵害的主要是公民个人的私权，对整个社会危害不大，所以法律给予自诉人比较大的处分权。自诉人可以选择起诉还是不起诉，并且可以同被告人和解或撤诉。