干细胞的研究目前如火如荼，但谈及其在医学领域特别是细胞治疗的领域仍有许多需要逾越的坎，这些问题主要是围绕着安全性、分化效率、功能及免疫排斥、行业规范来展开：第一：诱导的不可控性，即如何实现精准的定向分化；第二：安全性，主要解决残留的多能性干细胞存在的致瘤性隐患。第三：目的细胞的有效纯化，这也是如何分离分化与未分化细胞的问题。第四：诱导细胞的功能评价，体外分化的细胞在功能上能否与体内的对应细胞一致。第五：免疫排斥问题，即使免疫原性较低的成体干细胞也存在这样的风险。此外，行业规范、法律法规的制定也是亟待解决的问题。