金字塔组织结构的主要优势在于它能有效地进行标准化活动。把同类人员配置在同一个职能部门能够实现规模经济，使员工有更多的机会进行兴趣相投的交流。更重要的是，这种结构形式对中低层管理人员的要求较低，一般只要求他们服从、按照规章制度行事，这在某种程度上节约了成本，也使管理人员处理问题比较容易。因此，对于那些希望集权化决策，并且实行标准化操作和高度正规化经营，对中低层管理人员创新能力、决策能力、工作经验要求不高的企业采取金字塔结构是比较适合的。金字塔结构也有着明显的缺点，一个主要的不足是工作专门化导致了各个部门之间的冲突，有时候职能部门的目标甚至会凌驾于整体目标之上。金字塔结构的另一个不足在于，他们的员工只会按照程序性的规定办事，除非上级甚至上上级点头，否则任何一个细小的但是违背规定的变化都是不太可能的，因此，和金字塔结构的组织打交道基本上没有变通的余地。
矩阵结构的优势在于：在组织的各种活动比较复杂，又相互依存时，它有助于各种活动的协调。矩阵组织的另一个优势在于能高效的配置专业人员。矩阵结构的问题可以概括为以下四点：①职能经理与项目经理之间容易产生矛盾，因为他们要争夺有限的资源（人力、资金等）。同一项目中的成员可能会有任务职责不清的问题。②任务纠纷、任务不清以及负担过重会使职能经理、项目经理以及他们的下属心情紧张。③项目经理和职能经理之间权力、力量的不平衡会给矩阵结构带来问题。例如，假若职能经理拥有太大的权力，对项目工作可能不予重视，导致延误了工期；而如果项目经理拥有较大的权力，他经常会要求职能经理做出有利于项目的资源安排，而职能经理处于消极被动的境地，使工作效率受影响。④由于有可能发生纠纷，矩阵结构需要召开很多费时的协调会议。
团队组织具有明显的优点。在团队里每一个人都能知道整个团队的工作，因此，也都能对整体负责，团队易于接受新观念和新的工作方式，团队具有极大的适应性。团队也会有不少问题：如果团队领导人不能确立明确的任务，则团队工作就会缺乏明确性；团队工作有赖持续地注意其管理，注意其成员之间的关系，注意其各人职务的分配，注意于解释、筹划、沟通等，因此，所有成员均须耗费许多精力，以维持业务的正常进行；此外，团队中的成员虽然人人都能了解整个团队的共同任务，却不一定能了解其本身的特定任务。团队常常因其成员疏于自律和疏于负责而失败，且此种失败率很高。