原核生物有DNA-polⅠ，Ⅱ，Ⅲ；真核生物为DNA-polα、β、γ、δ、ε；而且每种酶都各有其自身的功能。这是最主要的差别。相同之处在于底物（dNTP）相同，催化方向（5’→3’）相同，催化方式（生成磷酸二酯键）、放出PPi相同等等。当然其他的酶类、蛋白质也会有差别。例如DNA拓扑异构酶的原核、真核生物就有不同；又如：解旋酶，原核生物是dnaB基因的表达产物（DnaB），真核生物就不可能是这个基因和这种产物。