浓水室中阴膜和淡水室阳膜出现结垢现象是因为电渗析器发生极化现象后，由于淡水室的水离解出的H+和OH-，OH-在电场作用下迁移透过阴膜，结果造成阴膜浓水室一侧的PH值上升，表面水呈碱性，产生MgCO3、CaCO3，Mg（OH）2沉淀。在淡水室的阳膜附近，由于H+透过膜转移到浓水室中，因此这里留下的OH-也使PH值升高，产生铁的氢氧化物等沉淀物。为了减少结垢，常常采用在浓水中加酸的办法，定期倒换电极，浓水再循环时，控制浓水的电导率等方法，并根据运行的情况定期进行膜的酸洗工作。