现行的乡镇行政管理体制为我国农村的发展做出了重要贡献，但是随着我国农村税费改革以及新农村建设工程的实施，我国现行乡镇行政管理也存在着许多弊端，这些弊端严重的影响了我国乡镇职能的发展，阻碍了我国新农村建设工程的实施。我国现行乡镇行政管理体制存在的主要弊端：
1、政府职能庞杂、错位
《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》规定，乡镇人代会有l3项职权、乡镇政府有7项职权，但实际落实并非如此。一是乡镇职能泛化。政府管的事情越来越多，政治、经济、文化、社会无所不包，收税收费、招商引资、计划生育、社会治安无所不干，如同一个全能的政府。
2、乡镇职能错位
政企不分，既是财产所有者代表、又是企业经营者代表和社会管理者代表，直接参与微观经营。有的在发展经济中职能越位，强制农民进行经济结构调整。有的代替农民决策去办企业、发展经济。二是乡镇机构设置重叠。机构设置的不合理，必然导致职能错位；责任分工的不合理，必然导致职能错位、越位或不到位，甚至产生违法行政行为。三是由于权责不一致，弱化了乡镇应有的职能。乡镇在职能职责方面存在的一些问题，表现在乡镇，而根源却在上级部门。有的上级部门偏离了责权一致的原则，通过行政命令和资源配置权，把一些本该属于自己抓的工作下放给了乡镇，使乡镇疲于应对若干的“一票否决制”，弱化了应有的社会管理和公共服务职能。
3、权力与责任不对等，行政运作方式不适应发展的需要
一是存在权小责大的矛盾。乡镇政府具有的七项职能中，乡镇政府主要做的工作却大部分是“办理上级人民政府交办的其它事项”。另一方面，税务、国土机构工作地点在乡镇，财物和业务管理权则属于上级业务主管部门。而他们承担的业务工作，有相当一部分却是由乡镇政府来帮助完成的。乡镇政府承担的责任没有减小，反而更大了。被上划的站、所越来越多，乡镇管理不了，有责无权。一些部门为了自身利益出现损害农民群众利益的事，农民找政府，乡镇政府除了做点解释工作外根本无能为力。二是乡镇在对上负责与对下负责之间处于两难境地。对下，由于乡镇财政十分困难，乡镇政府该为农民办的事却无能为力。直接影响了群众对乡镇政府的信任，他们看见乡镇干部就戏称为“催粮、催款”，因而政府在群众中的威信不高。对上，上级政府每年下达给乡镇各种任务，并且实行目标考核，乡镇干部形象地称之为“上面千条线、下面一根针”，每天应付每种事务喘不过气来。三是农民生产经营自主权与行政命令式政权运作方式的矛盾难以解决。传统的行政管理方式，是以直接的、微观的、权力导向型管理为特征的。在市场经济条件下，这种传统的行政管理运行方式已暴露出很多问题，比如：忽视全面、协调、可持续发展，行政运行成本高，市场机制得不到有效发挥，一些乡镇政府不按市场经济规律办事，直接插手乡镇企业和农民的生产经营具体事务，干涉乡镇企业和农民的生产经营自主权，明显违背了经济规律、市场规律和管理原则。