与医学关系密切的合成性代谢产物有：热原质(细菌合成的一种注入人体内引起发热反应的物质)、毒素及侵袭性酶(病原性细菌合成对人和动物有毒性的物质)、色素(色素的形成可用于鉴别细菌)、抗生素(能抑制或杀死某些其他微生物或癌细胞的物质)、细菌素(某些细菌菌株产生的一类具有抗菌作用的蛋白质或蛋白质与脂多糖的复合物，与抗生素相比，其作用范围较窄，仅对与产生菌有亲缘关系的细菌有杀伤作用，现多用于细菌分型和流行病学调查。)、维生素(细菌能合成一些维生素，可被人体吸收利用)。