中小企业板块的总体设计原则可以概括为“两个不变”和“四个独立”。“两个不变”是指中小企业板块运行所遵循的法律、法规和部门规章与主板市场相同，中小企业板块的上市公司须符合主板市场的发行上市条件和信息披露要求。“四个独立”是指中小企业板块是主板市场的组成部分，同时实行运行独立、监察独立、代码独立、指数独立。运行独立是指中小企业板块的交易由独立于主板市场交易系统的第二交易系统承担；监察独立是指深圳证券交易所建立独立的监察系统实施对中小企业板块的实时监控，该系统针对中小企业板块的交易特点和风险特征设置独立的监控指标和报警阈值；代码独立是指将中小企业板块股票作为一个整体，使用与主板市场不同的股票编码；指数独立是指中小企业板块在上市股票达到一定数量后，发布该板块独立的指数。