海洋航运资源开发中的航道治理工程对海洋生态环境影响分建设期和营运期。建设期污染物主要是疏浚、抛泥作业和船舶油污水排放。营运期污染物为航行船舶的含油污水、生活污水、生活垃圾等。疏浚、抛泥作业产生的弃土悬沙及其溶出物，使得局部水域悬浮物浓度增加，水体透明度下降，抑制浮游植物繁殖生长，导致水域初级生产力下降，从而导致水域食物链的变化。疏浚、就地取沙、抛泥作业和导堤建设，使底栖生物赖以生存的栖息地遭受破坏，导致底栖生物量下降。航道工程实施会改变鱼、虾、蟹类洄游路线和渔场位置，也会对某些水生珍稀动物的栖息地带来一些影响。
海洋航运资源开发中的港口、码头、桥梁等建设使原有的滩涂湿地不复存在，潮间带生物被破坏，围堤以内潮间带生物基本上绝迹。在港口、航道开挖、桥梁打桩、水下爆破及疏浚所涉及范围内，将对海洋生物造成不同程度的致死效应，致使底质中污染物再悬浮，影响海洋生物生长，局部区域生物群落结构将会受到一定的影响。由于对海底泥沙的扰动，会对所在区域的底栖生物的生存环境产生影响。