相同点：农业生态系统是一种系统，也是一种生态系统。农业生态系统和一般生态系统一样，是在一个同质区域中或一个有限范围内，通过能量流动和物质循环把生物及其环境联系起来的系统。
不同点：农业生态系统是特别地指以农业生物为主要成分、受人类调控、以农业生产为主要目标的生态系统。农业生态系统和自然生态系统相比，有很多显著的特点。
1、系统组分：农业生态系统中，生物组分以人工驯化和选育的农业生物为主，生物组分中人是系统最重要的调控力量，在自给农业中人还是系统产物的重要大型消费者。环境组分中，多了人工环境组分如排灌渠、地膜、温室、禽舍、道路等。农业生态系统中的气体、土体、水体也收到了人类活动的深刻影响。
2、系统输入：农业生态系统的输入既有自然的输入，如降雨、日照、生物固氮等，还有社会的输入，如人力、机械、化肥、农药、信息、资金等。
3、系统输出：农业生态系统的生产目标明确，有大量的农产品输出，然而还保留一些非目标性的自然输出，如水土流失、水分蒸腾蒸发、有机物分解释放CO₂、H₂S、CH4、N2O等。这些输出也已经收到了人为活动的深刻影响。
4、系统功能：由于农业生态系统的输入和输出都加大了，与自然生态系统和外界有更大的物质、能量和信息交流，系统更加开放。然而，系统内部组分间的能流和物流联系强度却可能由于人为分割而削弱，造成能物的浪费和系统低效率。5、系统调控：农业生态系统不仅保留了自然生态系统的自然调控方式，而且由农民直接实施人工调控，还受社会工业、交通、科技、教育、经济、法律、政治的间接调控。总之，农业生态系统是深深地打下了人类社会印记的生态系统，是被人类驯化了的生态系统。