一，适用主体不同。妨害民事诉讼强制措施只能由人民法院适用；而刑事诉讼强制措施适用的主体既有人民法院，也有人民检察院和公安机关。
二，适用对象不同。妨害民事诉讼强制措施针对的对象是妨害民事诉讼秩序的行为人所采用的，它既包括当事人、其他诉讼参与人，也包含与该案无任何关系的案外人；而刑事诉讼强制措施针对的对象是本案中的犯罪嫌疑人、被告人，对其他任何人都不能采取这种措施。
三，适用的前提条件和目的不同。妨害民事诉讼强制措施针对的是实施了妨害民事诉讼秩序行为的当事人；刑事诉讼中的强制措施是为了防止犯罪嫌疑人、被告人逃跑、自杀或继续犯罪而采取的预防措施，它不以当事人的行为是否妨害了诉讼秩序为前提条件。
四，种类不同。妨害民事诉讼强制措施的种类包括拘传、训诫、责令退出法庭、罚款和司法拘留；刑事诉讼中的强制措施主要包括拘传、取保候审、监视居住、拘留和逮捕五种类型。
五，实施效果不同。妨害民事诉讼的强制措施是一种特殊的强制约束，与实体法无关，而刑事诉讼中的强制措施与实体法有关；犯罪嫌疑人或被告人在判决前被羁押的期限，可以折抵刑期。