原理：好氧堆肥是利用好氧微生物代谢使生物质废物降解稳定，不再易腐发臭，成为相容于植物生长的土壤调理剂的过程。
过程：
（1）潜伏阶段，部分微生物产生适应酶，其细胞物质开始增加，但微生物总数尚未增加；而另一些微生物因不适应新环境而死亡。此阶段微生物会大量分泌水解酶，部分固体废物会被水解成可溶性物质。
（2）升温阶段，已适应特定环境的微生物，利用物料中的易降解有机物，旺盛繁殖，在转换和利用生化能的过程中，多余的生化能以热能的形式释放，使堆置环境温度不断上升。
（3）高温阶段，当堆层温度升高到45℃以上，嗜温性微生物受到抑制甚至死亡，嗜热性微生物逐渐替代了嗜温性微生物的活动，无聊中残留的和新形成的可溶性有机物急需分解转化，复杂的有机化合物也开始被剧烈分解。微生物对易降解有机物的高速降解，必然使其代谢逐步受到有机物可利用性的限制，代谢和生长速率下降，因代谢而产生的热量减少。当产生的热量低于散失的热量时，堆层温度开始下降。
（4）降温阶段，当堆体温度下降到45℃以下时，嗜温性微生物又重新占据优势。嗜温性微生物对剩下的较难降解的有机物做进一步分解，并逐渐形成腐殖质。
（5）腐熟阶段，经过以上四个阶段，物料中剩下的是难降解有机物。此阶段为嗜温性的，细菌和放线菌数目有所下降，真菌会大量繁殖，难降解有机物会被缓慢分解，腐殖质不断增多、聚合度和芳构化程度不断提高。腐熟程度的评价指标有物理学指标、化学指标和生物学指标。物理学指标包括表观指标和堆层温度。化学指标包括易降解有机物和难降解有机物、有机物含量、氮试验法、碳氮比和腐殖类物质的变化。生物指标包括植物分析法、好氧速率法、厌氧产气法和综合评定法。