A项，根据《合同法》第251条的规定，承揽合同是承揽人按照定作人的要求完成工作，交付工作成果，定作人给付报酬的合同。承揽合同中，承揽人有交付工作成果的义务。甲、乙两公司的约定却是将设备出售给甲公司，因此不属于承揽合同。
B项，《合同法》第45条第1款规定，当事人对合同的效力可以约定附条件。附生效条件的合同，自条件成就时生效。附解除条件的合同，自条件成就时失效。甲、乙两公司的约定为乙公司完成研发生产后再另行订立买卖合同，因此不属于附条件的买卖合同。
C项，《合同法》第52条规定，有下列情形之一的，合同无效：①一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；②恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；③以合法形式掩盖非法目的；④损害社会公共利益；⑤违反法律、行政法规的强制性规定。本题中，乙公司完成研发生产后，作为设备的所有人，有权和丙公司签订设备买卖合同，不存在导致合同无效的事由，乙、丙两公司之间的买卖合同有效。
D项，乙公司完成某专用设备的研发生产后没有依据其和甲公司的协议订立买卖合同，将该设备出售给甲公司，而是卖与了丙，应向甲公司承担违约责任。