1、对库区文物的影响：三峡工程蓄水高达175米，完成蓄水后，大量的文物古迹都将被淹没到水下，不可否认的是，虽经过大量的突击性的文物保护并抢救发掘，一批珍贵的有代表性的文物被保存下来，但是也不能保证保住所有的遗迹，仍有很大一部分文物被淹没，而且将很难再被发掘出来。
2、对生态环境的影响：主要包括两方面：有利影响主要在长江中游，包括减轻洪灾对生态环境的破坏，减少燃煤对环境的污染，减轻洞庭湖的淤积等。不利影响主要在库区，除淹没耕地，改变景观和大量移民外，尚对西游物种、天气等有影响。
3、移民问题：三峡工程建成后，大量的原先生活在三峡库区的居民必须要移民，因此如何疏通移民思想，安置就业，保障住房等生活需求都需要切实考虑。
4、地质灾害问题：三峡蓄水175米，巨大的水压会对库区地质结构产生影响。