（1）中枢发源部位不同：交感神经来自脊髓的胸腰段，经前根进入交感神经节，再由神经节发出神经到内脏器官，称为节前神经元或节前纤维。副交感神经来自脑干和脊髓骶段，经第三、七、九、十对脑神经和前根进入副交感神经节，再分布到眼内肌、唾液腺、胸腹腔和盆腔脏器。
（2）交感神经节离效应器官较远，因此节前纤维短，而节后纤维长；副交感神经节离效应器官较近，有的神经节就在效应器官壁内，因此节前纤维长，而节后纤维短。
（3）交感神经分布广，几乎全身内脏器官都有。副交感神经分布较局限，某些器官（如皮肤、骨骼肌血管，汗腺、竖毛肌、肾上腺髓质）均无。
（4）交感神经系统的活动一般比较广泛，往往不会只波及个别的神经及其支配的效应器官，而常以整个系统来参加反应。交感神经系统在环境急骤变化的条件下，可以动员机体许多器官的潜在力量，以适应环境的急变，这种反应称为应急反应。副交感神经系统的活动，不如交感神经系统的活动那样广泛，而是比较局限的；其整个系统的活动主要在于保护机体、休整恢复、促进消化、积蓄能量以及加强排泄和生殖功能等方面。