郑成功所领导的海上义师，是最后的一支抗清力量。
郑成功先以南澳为基地，组织抗清力量，很快发展壮大起来。1647年（永历元年）从南澳出兵，两三年间，接连攻占了同安、海澄和泉州等闽南沿海许多地方，又进据金门、厦门，并以金、厦为抗清根据地。郑成功起兵抗清十多年，曾多次人进行北伐和南征（闽、粤）。其中以1659年（顺治十六年）的北伐，声势最大。
郑成功北伐失败后，清统治者为对付这支抗清力量，下令沿海居民内迁三十里，禁止舟船出海，以切断东南人民同郑成功的联系。
郑成功在以金、厦为根据地进行抗清斗争中，早就与荷兰殖民者发生了尖锐的对立。
1661年2月（顺治十八年正月），郑成功在厦门召开军事会议，驳斥了认为台湾荷兰殖民者“炮台利害，水路险恶”，不能攻取的错误意见，决定立即进军，收复台湾。
1661年3月，郑成功从厦门移驻金门，部署军队，大修船只，积极进行收复台湾的准备工作。4月21日（阴历三月二十三日），郑成功令其子郑经及部分将领留守金门、厦门，自己亲率军队二万五千人、大小战船数百艘进军台湾。
1662年2月1日，荷兰殖民长官揆一被迫在投降书上签字。中国军民经过九个月的英勇战斗，终于结束了荷兰侵略者在台湾三十八年的殖民统治。
平定“三藩”为统一台湾开创了条件，郑成功死后，台湾局势混乱不堪，郑克爽鉴于内部人心惶恐，耿精忠也被消灭，提出称臣入贡，永做藩属的要求，但遭到康熙的拒绝。康熙派施琅出海，顺利占领台湾。在对台湾的处理问题上，清政府内部出现分歧，有人主张放弃台湾，施琅认为台湾富庶，在国防上也有重要意义。康熙赞同施琅的意见，在台湾设立台湾府，下设三县，划为福建省管辖，又在台湾、澎湖设置总兵、副将，派兵万人驻防。至此，台湾统一于清朝中央政府的管辖之下，台湾府的设置加强了台湾同祖国大陆的联系，促进了台湾的开发，巩固了祖国的海防。