（1）发生的基础不同，国家赔偿由国家机关及其工作人员的违法行为引起；国家补偿由国家的合法行为引起。
（2）性质不同。国家赔偿是国家对其违法行为承担的一种法律责任，其目的是恢复到合法行为所应有的状态；国家补偿是一种例外责任，由法律规定为限，其目的是为因公共利益而遭受特别损失的相对人的提供补偿，以体现公平负担的精神。
（3）适用的领域不同。在我国，国家赔偿既包括行政赔偿，也包括刑事赔偿，还包括民事、行政审判中的侵权赔偿；国家补偿主要存在于行政领域。
（4）补偿的范围不同。国家赔偿虽只赔偿直接物质损失，但比国家补偿的范围要宽；国家补偿一般以直接现实的损失为限，而且在许多情况下，法律规定的补偿额往往小于直接损失额。
（5）发生的时间不同。国家赔偿发生在损害产生之后；国家补偿通常发生在损害之前，由法律直接规定。