从考古发现探讨稻作农业起源，是中国考古学研究中的一个重要问题。目前考古发现证明，栽培稻最早发生在公元前一万二三千年，那时的最佳边缘就在长江流域偏南的地方。从稻作农业的发生发展到以稻谷为主要粮食作物，从稻作农业起源中心扩大到与现在分布相近的地区，其间经历了很长的过程，可以分为几个明显的阶段：
（1）萌芽期：相当于中石器时代到新石器时代早期，绝对年代大约在公元前13000-前7000年间。属于这一时期的遗址有玉蟾岩、仙人洞、吊桶环三处，可见长江中下游确为稻作起源地。
（2）确立期：相当于新石器时代中期，约为公元前7000-前5000年。这个时期的稻作农业已得到初步发展，分布区有所扩大，并且明显的向北推进，河南裴李岗文化及陕西老官台文化的南部边缘开始种稻，中心区则在长江中游的彭头山文化和城背溪文化范围内。
（3）发展期：相当于新石器时代晚期，约为公元前5000-前3000年。这是稻作农业的分布范围进一步扩大，主要分布区在长江中下游。至今发现有稻谷遗存的地点约有60处，其中长江中下游约有50处，诸如浙江余姚河姆渡、湖南澧县城头山、和湖北江陵阴湘城，其中在江苏吴县草鞋山和湖南澧县城头山还发现了公元前四千多年前的稻田，其余在黄淮流域。如此则说明，一个以稻米生产为主的农业体系已经初步形成。
（4）兴盛期：相当于铜石并用时代，约为公元前3000-前2000年。此时稻作农业分布区域进一步扩大，但仍以长江中下游为主，共发现遗存70余处，其中长江中下游约60处，其余在黄淮流域、四川成都平原和广东北部。
（5）远播期：相当于青铜时代早中期，约为公元前2000-前1000年。中国稻作农业在核心地区继续发展，同时向东南、西南和东北传播，东南到达福建、台湾，西南到达云南，东北则通过辽宁传播到朝鲜半岛和日本，已经接近于现代稻作农业分布的格局。