1881年，清政府收复被沙俄占领长达11年之久的伊犁地区。1884年设立新疆省，实行与中国本部18省一样的行政制度，由巡抚统管全疆各项军政事务，新疆政治中心由伊犁移至迪化（今乌鲁木齐）。光绪七年二月，清政府使臣曾纪泽（曾国藩之子）经过与沙俄艰苦的外交斗争，几经周折，终于达成《中俄伊犁条约》，条约议定次年沙俄军队撤出伊犁，中国以赔款和允许俄商在新疆贸易不纳税，俄国在嘉峪关和吐鲁番设领事作为代价。1882年，伊犁终于回到祖国的怀抱。光绪十年（1884年），清政府发布新疆建省上谕，刘锦棠被任命为首任新疆巡抚。