宋初的太医署已不同隋唐时期的太医署，它不再兼医疗行政，而成为专门医学教育机构。庆历四年（公元l044年）又改进了考试制度，使医学教育进一步得到提高。
熙宁九年（公元1076年）改太医署为太医局。太医局置提举一名，判局二名，全面负责太医局的医学教育，并且规定判局要由懂医术的人充任。当时太医局教学编制及医学分科较细。
学生学业将成，要临床实习，并在实践中进行考察，根据治愈率来评定成绩，分上、个、下三等，适当给予奖学金。十全为上，限二十人，月津十五千；十失一为中，限二十人，月津十千；十失二为下，限五十人，月津五千；十不全七者降级；十失其五开除太医局。这是医学史上的重大教育改革。
元丰年间（公元1078～1085年），医学教学缩编为三科：1、方脉科，2、针科，3、疡科。各科教材亦不同，方脉科分大小经，大经有《素问》、《难经》、《脉经》；小经有《巢氏病源》、《龙树论》、《千金翼方》。每年春季进行招生考试，自由参加。崇宁二年（公元1103年），医学制度改三舍之制，上舍四十人，内舍六十人，外舍一百二十人。共设博士四人，正录四人，掌管太医局的教学行政。各舍又置长、谕各一人，负责每舍的工作。其教学分科及教学设置如下：
三科基础教材：《素问》、《难经》、《巢氏病源》、《补注神农本草经》；方脉科：（包括风科、大方脉、小方脉）兼习《脉经》、《伤寒论》；针科：（包括针、灸、口齿、咽喉、耳、眼）兼习《黄帝三部针灸经》、《龙树论》；疮科：（包括疮肿、伤折、金疮、书禁）兼习《黄帝三部针灸经》、《干金翼方》。
学生考试制度也很健全，分私试、公试两种。考试内容有医经大义、五运六气、假令病法（病案分析），根据成绩由“外舍”递升至“内舍”、“上舍”。学生毕业分配亦根据成绩优劣分别录用，艺业精优者分配到尚药局任医师等职，其余分别充任本专业博士、正录，或分配到各州充任医学教授。可见当时领导机构、教学分科、课程设置、考试制度、毕业分配制度等，已初具规模。
宋代的医教体制曾有几次大的改革，不如唐代太医署的医学教育长期稳定，但比唐代更为完善健全。