（1）建立科学的运行机制。一是成员（代表）大会运行机制；二是理事会运行机制；三是监事会运行机制。
（2）建立明晰的产权机制
用股权证等形式明晰成员股权，严格帐内管理。并明确本组织的盈余和积累按股权比例属于各成员所有，股权可继承、抵押和内部转让等。
（3）建立规范的企业化经营机制
应本着对内服务、对外企业化经营的策略，在着力为成员提供多功能、全方位服务的同时，积极开展对外企业化经营，有条件的专业合作组织，可通过举办经济实体，增强为民服务的实力和长期生存之本。
（4）建立合理的利益分配机制
按照资本报酬适度的原则，限额计付股息（如美国农业部规定合作组织内部按股分红的比例不超过8%），全年盈余在适当提取发展基金后，按成员交易量的比例返还成员。但在资本稀缺的情况下，也可探讨“一社两制”的办法，即对内实行限额计息盈余返还、对外资本实行计息分红的办法。
（5）建立完善的监督约束机制
一是建立社会监督约束机制，促其守法经营；二是建立系统监督约束机制，强化农业业务主管部门监督指导，促其规范经营；三是建立内部监督约束机制，发挥监事会和成员的监督作用，促其正常经营。