我国设立特别行政区的理论根据和法律根据特别行政区是指在我国行政区域内，根据我国宪法和法律的规定，专门设立具有特殊法律地位，实行特殊的社会、政治和经济制度的行政区域。它是中华人民共和国不可分离的部分，但又具有特殊的法律地位。我国现行《宪法》第3l条规定：
“国家在必要时得设立特别行政区。在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定。”
宪法是根本法，它巩固并确认了社会主义制度是中华人民共和国的根本制度。现在，宪法在行政区域划分中提出特别行政区，无疑说明允许特殊情况下可以有另一种制度的存在。这些制度包括社会政治、经济制度，有关保障居民的基本权利和自由的制度，行政管理、立法和司法方面的制度。
特别行政区体现了“一国两制”的理论。“一国两制”即一个国家、两种制度。所谓一个国家，就是坚持一个中国原则即统一的不可分割的中华人民共和国，凡是属于我国领土范围内的一切地方行政区域，包括香港、澳门和台湾，都不能分割或分离出去，也不能变成任何独立的政治实体。所谓的两种制度，是指在我国一般实行社会主义制度，特别行政区可以继续保持资本主义制度。
按照传统的理论和模式，在一个社会主义国家里，只能允许一种制度即社会主义制度存在和发展。实行“一国两制”后，突破了原有模式，形成了在一个国家里，社会主义制度和资本主义制度并存，两者相互促进、共同发展的新格局。这是我国根据自己的国情在国家制度上的一大创新和发展，体现了原则性和灵活性的高度结合。