（1）主体不同：公司合并的主体是公司，而在股权收购中，一方主体是收购公司，而另一方主体则是目标公司的股东。
（2）内容不同：在公司合并中，存续公司或新设公司承受解散公司的全部权利和义务，而在股权收购中，目标公司的股东将其对目标公司的股份转让给收购方。
（3）法律后果不同：公司合并必然导致合并一方或双方公司的解散，被解散的公司的全部权利和义务由存续公司或新设公司承受；而股权收购则不当然导致一方公司或双方公司的解散。
（4）法律性质不同：公司合并的本质是公司人格的合并，而股权收购的本质是股权的买卖行为，不影响公司的人格。