制度经济学对传统经济学的方法论持否定态度，在此基础上提出自己的研究方法。主张用“制度趋势”方法来研究经济学。
1、不满意孤立的经济人假设，决定经济成果的关键是形成相互冲突的人群或阶级所产生的集体力量。
2、反对传统经济学的数量分析方法，对人的行为，必须研究具体的社会经济制度对人的行动的影响。
3、反对传统经济学的静态均衡分析方法，要在社会与经济的相互冲突中考察经济变化，并用动态的不均衡模式来探索经济过程发展的特点。
4、不满意“狭义经济学”的假设，注重经济外各种因素对经济行为的影响，要求经济学与其他社会科学结合。