（一）性质不同就业协议书是毕业生在校时与用人单位协商签订的就业意向协议，也是学校编制毕业生就业派遣方案的依据；劳动合同是毕业生与用人单位依法确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议，是明确毕业生就业后从事何种岗位、享受何种待遇等权利和义务的依据。
（二）内容不同就业协议书的内容主要是用人单位和毕业生就同意录用和接受聘用达成一致意见，并初步约定将来就业的基础条款，如服务期限、试用期限及试用期待遇等；劳动合同的内容涉及劳动报酬、劳动保护、工作内容、劳动纪律等方方面面，对劳动权利与义务的规定更为明确和具体。
（三）时效性不同就业协议书在毕业生到用人单位报到时自动终止其效力；劳动合同的终止条件有两种：一是劳动合同期限届满，二是劳动合同约定的终止条件出现。
（四）争议解决的主要方式不同就业协议书发生争议，主要是按照现有的毕业生就业政策，由学校或上级就业主管部门出面协调解决；而劳动合同发生争议，主要是依据《劳动法》和《劳动争议处理条例》的有关规定，采取调解、仲裁及诉讼的方式，通过严格的法律程序予以解决。
（五）互有关联一般来说，就业协议书签订在前，劳动合同订立在后。在某种意义上，劳动合同可以视为就业协议书的延伸。例如，毕业生与用人单位可以在就业协议书中约定试用期和试用期待遇，上岗后签订劳动合同时试用期条款按此约定执行；如果毕业生与用人单位就试用期满后的工资待遇、住房等有事先约定，亦可在就业协议书的补充协议中注明，日后订立劳动合同对此内容应予以认可和确定。