从国际组织机构的职能角度来看，国际组织一般都设有下列三种内部机构：决策机构、执行机构和行政管理机构。国际组织机构的职能是指整个国际组织在正常运转中各机构的工作分工及其范围。
（1）决策机构
国际组织一般都有一个作为最高决策的审议机构，它是根据组织约章设立的最高权力机关。这种机构由所有成员派代表参加，一般称之为“大会”或“代表大会”。
（2）执行机构
国际组织一般都设有一个执行机构，通常称为执行局或理事会，也有称为委员会的。这种机构的主要职能是执行最高决策机构的决定，具体处理本组织管辖范围内的事项，提出建议、计划和工作方案并付诸实施。其具体权力大小不等。决策机构休会期间，一般由执行机构行使职权。
（3）行政管理机构
绝大多数国际组织都设有行政管理机构，叫做“秘书处”，它是一个以秘书长或总干事为首的常设机构。秘书长和秘书处的任务主要是负责处理组织中的各种经常性工作，协调组织中各常设机构的活动并为其提供各种服务。