《商标注册条约》和《马德里协定》相比主要有以下不同：
（1）前者规定申请人可以不必先在本国注册，也不必通过本国商标部门提交申请案，可以直接向世界知识产权组织国际局申请“国际注册”；但后者规定申请人必须在本国获得商标注册后，提出国际注册。
（2）前者规定成员国在接到国际局的文件后，做出是否给予法律保护的期限为15个月，“证明商标”为18个月；而后者规定的期限为1年。
（3）前者规定商标注册的有效期为10年，可以无限期续展；而后者规定为20年，可以无限期续展。
（4）前者规定了国际注册的商标的转让问题；后者没有规定。