蓝藻：蓝藻含蛋白质高达干重60%，很多蓝藻如螺旋鱼腥藻，尖头藻，螺旋蓝藻等是鱼类营养丰富的饵料，大部分丝状蓝藻及蓝藻的尸体可作为甲壳动物和底栖动物的食料；蓝藻中念珠藻目的多数种类能进行固氮作用；蓝藻植物喜欢生长在含有机质较多的富营养化的水体，因此，很多种类可作为水环境污染的指示生物。
隐藻：隐藻植物细胞裸露，个体大小适中，是鱼类和水产动物优质、适口、易消化的饵料；隐藻大部分种类是富营养型水体的指示生物，腐生营养的种类可作为水体污染的指示生物。
甲藻：大部分甲藻是鱼类和水体动物的食料，特别是无细胞壁裸露的甲是滤食性鱼类适口易消化的饵料。少数红色甲藻为寄生性种类，能使鱼类致病。
硅藻：硅藻含有丰富的氨基酸和维生素，其内容物容易被鱼类和水生动物消化利用，浮游硅藻是滤食性鱼类和浮游甲壳动物的适口饵料，丝状种类和底生硅藻为鲤，鲫等杂食性鱼类和软体动物的食料。
裸藻：裸藻是滤食性鱼类适口、优质、易消化的饵料，同时也是很多水生动物的直接或间接的饵料；裸藻含丰富的维生素，如血红裸藻，在医药上用来提取维生素E；养鱼池塘中出现大量的裸藻是水肥的标志。
绿藻：绿藻是水生动物直接或间接的饵料，单细胞绿藻为多种水生动物如轮虫，甲壳动物及其及幼体的开口饵料，也中各种珍贵水产动物如贻、贝、虾、蟹等活饵料培育的基础食料，另外，绿藻可作为水质肥瘦的指示生物，鞭毛绿藻占优势的水体为肥水标志，鼓藻占优势的水体为瘦水标志。